東方人膽結石以總膽管結石和肝內結石較多，西方人以膽囊結石居多。據統計肝內結石的發生率約佔所有膽石症的30至50％。

總膽管結石發生在肝管以下到十二指腸乳頭開口之間的膽管，肝內結石則發生於左右肝管以上的肝內膽管。發生的原因通常和細菌感染有關。通常，膽色素的排泄是在肝細胞中和葡萄糖結合成為水溶性的抱合體後，由膽汁經腸道排出；如果膽管遭細菌感染，細菌分泌的一種酵素增加，便會分解這種抱合體，游離出膽色素。總膽管和肝內結石便是游離的膽色素和鈣離子結合沈澱的結果。

在臨床上，這類結石病人常有先天性肝內膽管彎曲，或細菌感染後導致組織萎縮，使肝內膽管狹窄，增加結石沉澱的機會。如果胃腸常發炎，細菌可經門脈系統進入肝內或直接進入肝內膽管，容易形成膽管感染結石。膽囊和膽管的位置雖然相近，兩種結石的成分、發生率，以及預後卻迥然不同。膽囊通常以膽固醇結石為主，40歲以上、肥胖、生活富裕、女性較易發生。總膽管和肝內結石的成分主要是膽色素鈣，病人以鄉鎮及貧窮落後地區較多，男女無顯著差異。

總膽管及肝內結石的主要症狀是疼痛，發燒和黃膽。膽囊結石的疼痛雖較嚴重，但很少發燒，黃膽也很輕微。不論總膽管或肝內結石，倘若膽管發生阻塞而未加以治療，很容易引起急性化膿性膽管炎，嚴重則造成菌血症，急症須開刀和引流。